Pro potřeby elektrárny je využívána voda z řeky Labe. Výroba změkčené vody pro potřeby chlazení a demineralizované přídavné vody je realizována v chemické úpravně vody. Výkon úpravny vody je 180 m3/hod přídavné demivody a 20 m3/hod změkčené vody. Přídavná voda se vyrábí z čiřené vody postupnou demineralizací iontoměřiči ve čtyřech stupních seřazených do tří linek. Výkon jedné demineralizační linky je 90 m3/hod. Odpadní agresivní vody jsou jímány do tří neutralizačních nádrží (3 x 250 m3). Vyrobená demineralizovaná voda je skladována ve třech zásobních nádržích (3 x 800 m3), z nichž se průběžně čerpá do strojovny k doplňování jednotlivých výrobních bloků. Celý provoz i regenerace demilinek je plně automatizován. Změkčená voda slouží pro doplňování topného okruhu, malého chladícího okruhu a ucpávkových vod. K zařízení chemie patří též 4 sedimentační bazény čističky odpadních vod. Čištění odpadních vod je prováděno pomocí nejmodernějších technologií s ohledem na minimalizaci vypouštění vyčištěných odpadních vod.
